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細菌基因組調(diào)節(jié)子的染色體排布

點擊次數(shù):13179   發(fā)布時間:2012/11/6 13:53:04

1月3日,著名雜志Plos  One在線刊登了一篇文章“細菌基因組調(diào)節(jié)子的染色體排布”(  Genomic  Arrangement  of  Regulons  in  Bacterial  Genomes),文章的通訊作者是來自吉林大學(xué)計算機學(xué)院的客座教授徐鷹,在文章中,作者用計算機技術(shù)來闡述了細菌調(diào)節(jié)子的排布規(guī)則。

調(diào)節(jié)子是細菌細胞基本的效應(yīng)系統(tǒng)調(diào)節(jié)子,在研究細菌的領(lǐng)域內(nèi),調(diào)節(jié)子是一個*基本的概念,細菌的調(diào)節(jié)子是一組操縱子,是通過相同的調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)來進行的轉(zhuǎn)錄共調(diào)節(jié),調(diào)節(jié)子主要包括trans調(diào)節(jié)器(一般的轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子)和位于操縱子啟動子前的cis調(diào)節(jié)結(jié)合原件;一個調(diào)節(jié)子包含了由一種轉(zhuǎn)錄因子調(diào)節(jié)的很多操縱子。

1964年,科學(xué)家提出了regulon(調(diào)節(jié)子)這個概念,隨后研究者們在大腸桿菌中K12發(fā)現(xiàn)了173種調(diào)節(jié)子,在枯草芽孢桿菌中發(fā)現(xiàn)了更多的調(diào)節(jié)子;通俗來講,調(diào)節(jié)子被分為兩種類型:局部調(diào)節(jié)子和全局調(diào)節(jié)子,前者指的是調(diào)節(jié)子含有為數(shù)不多的操縱子成分,而后者指的是含有相對多的操縱子成分,盡管我們已經(jīng)學(xué)到了已知的調(diào)節(jié)子的部分功能性,可是對于調(diào)節(jié)子是如何在細菌基因組中發(fā)揮作用的卻知之甚少。

文章的作者徐鷹教授是著名計算生物學(xué)家,美國佐治亞大學(xué)生物化學(xué)與分子生物學(xué)系教授,生物信息學(xué)研究所所長,兼職吉林大學(xué)客座教授,在這篇文章中,作者首次用計算機科學(xué)來闡釋細菌基因組中調(diào)節(jié)子的組織架構(gòu)法則,他們選用的是大腸桿菌K12和枯草芽孢桿菌str.168來進行研究,*終作者的結(jié)果表明,每一個調(diào)節(jié)子中的操縱子趨向于形成一段繞著染色體緊密在一起的基因簇,轉(zhuǎn)錄因子比轉(zhuǎn)錄靶點在進化上更有嚴(yán)格的規(guī)定,基因組中所有調(diào)節(jié)子的操縱子組分的全局排布趨向于使功能得到發(fā)揮。


 

原創(chuàng)作者:上海恒遠生物科技有限公司

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